リダイレクトを実行するには、shとかcmdとかを噛ませて実行してあげる必要があります。
// MySQLのコマンドを叩いてます
// Commons LangのSystemUtils使ってます
String[] cmd = {
"sh",
"-c",
"mysql -uuser -ppass dbname < file_name"
};
// Windowsの場合はcmd /cをたたきます
if( SystemUtils.IS_OS_WINDOWS ) {
cmd[0] = "cmd";
cmd[1] = "/c";
}
Process process = Runtime.getRuntime().exec( cmd );
process.waitFor();